Qualche tempo fa mi ero posto lo stesso interrogativo e dopo avere approfondito la cosa ero arrivato alla conclusione che mi conveniva impostare www come dominio preferito, scrivere tutti i link interni sempre su www e ridigere gli accessi su www.
Sui siti nuovi faccio così e mi sembra che vada bene.
Come minimo rimane tutto più chiaro, perchè così vengono indicizzate solo le pagine www e non ci sono doppioni, però non ho trovato indicazioni definitive da parte di google o altra fonte autorevole sulla scelta ottimale. Se qualcuno è a conoscenza di ragioni che sconsigliano questa procedura, sarei interessato anch'io a conoscerle.