Modificare le tabelle, sono semplici query che devi adattare.
Se cambia la struttura tabelle, puoi rinominare quelle presenti, creare le nuove, spostare i dati, e cancellare le vecchie (o lasciarle come backup..).
Lo stesso con i file.
Per il download, potresti caricare le versioni come archivio, per chi aggiorna (in seguito a check dell'xml o json) fai scaricare il pacchetto (es. con cURL), decomprimi ed esegui.