Ciao. Vorrei essere sicuro di avere capito cosa è accaduto, dimmi se sbaglio:
desideri avere due domini, in particolare "
dominio1.com" e "
dominio2.com" , ma ...
ti sei trovato invece "
dominio1.com" e "
dominio1.dominio2.com" .
Gli hosting multidominio si gestiscono esattamente come gli altri, semplicemente possono ospitare più domini.
La questione con o senza www è una cosa diversa da quello che è accaduto (se è accaduto ciò che ho ipotizzato sopra). In pratica tu desideravi configurare due domini distinti di secondo livello e invece ti sei ritrovato un dominio di terzo livello (dominio1.dominio2.com). Devi controllare i DNS, sono stati creati uno o più record che adesso vanno sistemati.
Quello che non mi è chiaro è come hai fatto a duplicare i contenuti sul terzo livello, hai per caso fatto un "copia e incolla" della root o di alcune cartelle?
Se ci dai qualche informazione in più forse qualcuno di noi sul forum potrà aiutarti.
Sul www, se usi Strumenti per Webmaster di Google potresti comunicare a Big G qual è il dominio preferito (vai in "configurazione", "impostazioni", "dominio preferito"). Ovviamente Webmaster Tool non è obbligatorio.