Doctype e css sono due cose completamente diverse.
Con i css separi il contenuto dalla presentazione e puoi ridefinire gli stili al volo. Il doctype serve a definire il tipo di linguaggio utilizzato xhtml 1.0 transitional, frameset o strict.
Tu puoi utilizzare uno qualsiasi di quei doctype con i css, puoi addirittura omettere il doctype e il sito, pur se in quirk mode su alcuni browser (e cioè con difetti di visualizzazione dipendenti dai costrutti css adottati) funzionerebbe lo stesso.
Il doctype strict su xhtml 1.0 o su xhtml 1.1 (che ha un solo doctype appunto strict) limita un po' il set di comandi utilizzabili e pertanto conviene usare il doctype transitional. Se invece vuoi rendere il sito accessibile e cioè che rispetta le direttive della legge Stanca sulla fruizione dei contenuti web da parte degli utenti svantaggiati allora sei obbligato ad usare un doctype strict, per questo ti ho fatto quella domanda.
Presumo di essere stato poco chiaro. A questo punto ti invito a cercare su google le seguenti chiavi: doctype, accessibilità, xhtml 1.0, xhtml 1.1.
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