Allora, il punto è questo: far capire al visitatore che nel sito non ci sono solo banner ma soprattutto contenuti interessanti e al tempo stesso mettere i banner in posizione ben visibile.
I blocchi di ads centrali, invece che essere eliminati, possono essere spostati di qualche centinaio di pixel verso il basso, sotto ad un po' di contenuto, a questo modo:
<intestazione del sito>
<menu orizzontale>
<un po' di contenuto>
<banner>
<il resto del contenuto>
A questo modo, chi apre la pagina vede subito che c'è del contenuto, e se gli interessa ha quel minimo di incentivo a restare sul sito.
I banner in posizione centrale, pur se spostati verso il basso, per rendere al massimo dovrebbero comunque essere 'above the fold', ossia visibili senza fare lo scrolling della pagina. A questo proposito, vedo che hai una intestazione della pagina molto alta, che ruba inutilmente prezziosissimo spazio Above the Fold. Potresti ridurre l'altezza dell'immagine dell'intestazione almeno della metà.
Per quanto riguarda i banner in posizione laterale, a parità di distanza dal top della pagina, hanno un CTR più basso dei banner in posizione centrale, ma hanno il vantaggio di poter essere messi più in alto senza dare fastidio all'utente. Quindi OK per lo skyskraper in posizione laterale, il più in alto possibile.