Risolto, il problema riguardava principalmente il fatto che la funzione da richiamare con il listener deve essere interna alla funzione stessa, inoltre non posso passare direttamente dal listener una variabile alla funzione.
Di seguito posto il codice.
stage.nativeWindow.menu = createAppMenu();function createAppMenu():NativeMenu
{
var AppMenu:NativeMenu = new NativeMenu();
var fileMenu:NativeMenuItem = AppMenu.addItem(new NativeMenuItem("File"));
var SubMenu:NativeMenu = new NativeMenu();
var SubMenuItem:NativeMenuItem = SubMenu.addItem(new NativeMenuItem("nome sub menu"));
fileMenu.submenu = SubMenu;
SubMenuItem.addEventListener(Event.SELECT, miafunzione);
function miafunzione()
{
richiamofunzioneesterna(valoredapassare);
}
return AppMenu;
}