purtroppo non ti posso dare una risposta completa perchè io utilizzo mambo e non joomla ed inoltre dipende dal tipo di SEF che hai installato.
ad ogni modo quando io ho avuto il tuo problema sono andato a modificare il file rss.php contenuto in com_rss perchè è quello il file che genera gli rss (almeno in mambo). Lì dovrebbe esserci una riga di codice come questa (intorno alla riga 206):
[PHP]
$item_link = $mosConfig_live_site .'/index.php?option=com_content&task=view&id='. $row->id .'&Itemid='. $mainframe->getItemid( $row->id );
[/PHP]
ed è quel pezzetto di codice che crea le url non riscritte...
spero di essere stato di una qualche utilità