Sì, i link vengono seguiti ugualmente, a meno che tu non indichi anche il nofollow.
Ecco le casistiche che puoi inserire nel meta tag rbots:
Noindex, Nofollow: il bot non indicizza e non segue i link
index, follow: il bot indicizza e segue
Noindex, follow: il bot non indicizza la pagina ma segue i link
Index, Nofollow: idicizza la pagina ma non segue i link.
Abbastanza logico, no?