Per una questione di praticità, ti consiglio di suddividere in vari sottodimini le differenti versioni del sito in lingue diverse.
Per esempio
http://italiano.sito.com
http://english.sito.com
http://deutch.sito.com
etc. etc.
In questo modo hai il vantaggio di tenere tutto separato ed evitare che i visitatori si perdano in un intreccio di lingue, ma soprattutto puoi effettuare scambi link con siti a tema nella giusta lingua come se fossero più siti separati.
Per essere efficace appieno la suddivisione, devi vedere se hai la possibilità di creare sottodomini con ip propri.