Secondo me la soluzione più semplice è un client ftp; per esempio filezilla, funziona benissimo. Puoi anche considerare che su Aruba nella sezione admin.nomedeltuosito.com puoi accedere lato amministratore al tuo sito vedendo i file nel filesystem.
Dai ogni gruppo utente e alla voce "Opzioni gruppo utente" metti SI o NO a "Visualizzabile in mostra gruppi". In questo modo il gruppo impostato su NO non compare.
Anche perchè gli aggiornamenti delle applicazioni vengono fatti oltre che per implementare nuove funzioni o migliorie, sopratutto per correggere eventuali errori di programmazione il più delle volte sfruttati da spammer e gente di malaffare.