Ok ora è più chiaro.
Si per la home è correttissimo fare come dici e puoi tranquillamente usare anche un canonical...l'importante è non avere link che rimandino ad entrambe.
Sulla questione di questo sito ovviamente ci sono tutta una serie di cose troppo lunghe da dover spiegare
Per la 404 invece ni infatti WMT intercetta correttamente quindi anche questo è corretto per come lo dici ma non tutti i siti sono uguali.
Per concludere: "quello che dici è corretto ed è 100% la strada giusta".