Faccio alcune precisazioni per evitare fraintendimenti.
Le informazioni date sono necessariamente generiche.
Se si vuole scendere nel dettaglio specialistico bisogna considerare quanto segue.
Non c'è l'obbligo, ai fini Iva, di annotare sul registro acquisti i documenti per i quali ricorrano le condizioni di indetraibilità dell’imposta.
La prassi comune ed inderogabile che le aziende ed i professionisti adottano, dal punto di vista organizzativo interno, è quella di registrare tutti i documenti ricevuti a qualsiasi titolo Iva allo scopo di avere sotto controllo, e numerato progressivamente, tutto quanto ha attinenza con gli acquisti di beni e prestazioni (esenti, non imponibili, non soggetti, fuori campo iva, ecc.), in quanto tale registrazione ha valenza anche per la contabilità aziendale (costi deducibili o meno).
Il riferimento fatto ai programmi contabili che impediscono le registrazioni con valore zero può essere superato con usuali prassi contabili:
registrare lo stesso documento (totale, imponibile ed Iva) sia come fattura acquisti che come nota di credito in modo di azzerare l’operazione
registrare il documento con un valore totale pari a € 0,01, e fare uno storno contabile di pari importo.
Non ho trovato specifiche sanzioni Iva relative a fatture per le quali il cessionario non registra e non effettua la detrazione Iva, ovviamente prevista come indetraibile.
Saluti