Sì, certo, occorre inserire il numero di protocollo (questo è il termine corretto) solo sulle fatture inerenti la tua attività. Detto fra noi, per i contribuenti minimi è un'operazione secondo me completamente priva di significato visto che non ci sono registri contabili, comunque va fatto. Se protocolli fatture che poi non scarichi, secondo me nessuno batterà un ciglio, visto che non ci sono effetti pratici.
Significa che un tempo si pagavano le tasse presentando un bollettino allo sportello della banca e pagano magari in contanti, oggi si fa tutto obbligatoriamente in via telematica con addebito sul c/c. Non c'è niente di automatico, sei tu che devi eseguire l'addebito.