Ciao nedone
Per me è ignoranza di chi ti gestisce i server.
Io non sono sistemista di professione, ma mi diverto ogni giorno su server linux.
Spiego la soluzione che è tremendamente semplice.
Dominio A -> /home/domA/
Dominio B -> /home/domB/
Il gruppo a cui fanno parte dir e file dei due domini sarà il gruppo con cui gira Apache.
L' utente con cui si leggono i vari file dei Dominio A sarà diverso dall' utente con cui sono setteti i file e dir del Dominio B.
Si mettono i permessi di lettura SOLO a utente e gruppo per tutti i 2 domini.
Appena provi ad includere uno script da Dominio A a Dominio B o viceversa come accennavi te sicuramente avrai un errore da parte di Apache e PHP.
Fallo presente a chi mantiene il server che Linux non ha limiti: sta tutto nella fantasia del buon sistemista