Credo tu sappia benissimo, e ciò lo si evince dal tuo post, che le redirect in javascript (così come quasi tutti i comportamenti forzati del browser) vanno contro le guidelines di Google.
Il dominio che contiene le pagine che contengono le redirect, oltre alle pagine stesse ovviamente, quando viene scoperto, viene bannato.
Se invece le pagine con le redirect sono su un altro dominio e questo viene bannato, nella stragrande maggioranza dei casi, ciò non comporta una penalizzazione per il dominio principale.
Nel tuo caso le pagine con la sneaky redirect sono proprio sul dominio principale, anche se in apparenza le hai "rinnegate" togliendo loro i link (ma dandogliene dall'esterno).
Non cambia molto però. Le pagine sono sul dominio, il dominio ne è avvantaggiato, e il giorno che vieni scoperto vieni bannato.
Perchè non hai controllo su chi ti linka, certo. Ma hai controllo su quali sono e come sono fatte le pagine del tuo dominio, e se sono indicizzate (e di questo te ne avvantaggi) devono essere compatibili con le guidelines.
Cordialmente,
Stuart