Nel comando site: www .nome-dominio.com io ci vedo un:
...ORDER BY LAST_DATE_CRAWLED, PR_PAGE, URL_HAS_PARAMETER, TITLE
in sostanza ordina prima per data di ultima visita dello spider GoogleBot (quindi l'home page e le pagine direttamente linkate da questa, a parità di LAST_DATE_CRAWLED allora ordina per Pagerank.
Se poi il PR rimane costante allora fa vedere prima le pagine senza parametri ("statiche"...;) ), poi quelle dinamiche (se esistono e se hanno title e description distinte), infine ordina per ordine alfabetico del TITLE.
IMHO!
Questa scelta non è casuale ma è logica se pensiamo al fatto che il comando site non è stato creato per i SEO ma per l'utente. E l'utente non-SEO se conosce quel comando lo usa per avere una sorta di SiteMap aggiornata del sito! no?