Ciao Cate.88!
Dal pannello di controllo dell'hosting, dovresti fare un backup completo (che include tutti i file, database, mail ecc). Così puoi ripristinare tutto come era prima in pochi click. Quale pannello usi (cPanel, Plesk, ecc)?
Ti consiglio d'installare prima lo script in una sottocartella o sottodominio, per testarlo. Poi, se ti piace, puoi passarlo alla stato "live".
Se, invece, vuoi fare tutto dalla root, e non t'interessano dei dati del vecchio sito:
Sposta tutti i file di Joomla in una cartella nella root (ad es., "Backup-Joomla");
Crea un nuovo database, mantenendo quello vecchio;
Installa la piattaforma ecommerce che desideri, copiando tutti i file nella root, e collegandolo al nuovo database;
Fai tutti i test che ti occorono;
Se non ti piace, cancella tutti i file del nuovo script e ricopia quelli di Joomla, che avevi spostato in precedenza nella cartella "Backup-Joomla", e cancella anche il nuovo database creato;
Crea SEMPRE un backup completo, prima di effettuare tali operazioni.
Saluti.
P.S.
Per "root" intendo quello "public_html".