Sembra sia riuscito a risolvere il problema... Effettivamente tramite Google Webmaster Tools nello strumento Visualizza come Google, sono andato a rivedere il recupero del mio sito inviato a giugno di quest'anno, mi sono accorto che era presente un file robot.txt che bloccava completamente la lettura del mio tema e bloccava quindi anche l' HP essendo creata dinamicamente dal tema, questo robot era installato da tempo visto che apparteneva ad un'altro sito installato sul dominio. Ora ho eliminato il file e google lo visualizza correttamente senza problemi, l'ho appena inviato all'indice..
Inoltre ho anche cambiato il logo come suggerito da Federico, anche se per inserirlo ho utilizzato la classica funzione di wordpress e il logo era caricato su un link all'interno della cartella content, in pratica come ho sempre fatto, inoltre ho cambiato il titolo di impostazione inserendo solo il nome della foto, spero che possa bastare per risolvere il problema..
In ogni caso grazie a tutti!