Non vedrei difficoltà alcuna alla tua rifatturazione di quelle spese anche separatamente.... rifatturare quelle spese non significa assolutamente aver effettuato il trasporto (per cui tu non hai autorizzazioni da trasportatore), ma invece significa solo riaddebitare contabilmente e formalmente spese effettuate per conto (e non in nome) del tuo cliente per trasporti effettuati da trasportatori autorizzati.
Pienamente legittimo.
Paolo