Ciao Frodo76,
direi che se ho capito bene il problema non esiste: le pagine che danno errore 404 vengono presto escluse dall'indice di Google automaticamente (ed il processo può essere velocizzato attraverso gli Strumenti per Webmaster), mentre una pagina che si redirige ad un'altra non viene considerata un contenuto duplicato della seconda (semplicemente Google restituisce trai risultati soltanto la seconda).
Problemi possono nascere se da 2 url si punta allo stesso documento senza effettuare alcuna redirezione (per intenderci, nella barra del browser restano due indirizzi differenti pur visualizzando lo stesso file).
Presumendo che in quel giorno con il redirect sbagliato tu non abbia ricevuto backlink con gli indirizzi errati, ripulire i 404 è probabilmente la scelta migliore.
Spero di aver capito bene la domanda e di essere stato abbastanza chiaro nella risposta; ad ogni modo resto a disposizione.
Buon lavoro!