Dipende molto dalle tempistiche che hai, dai vincoli temporali e dal budget: tendenzialmente può essere una soluzione rifare tutto in Drupal perchè, almeno in teoria, scriveresti meno codice di quanto faresti rattoppando di continuo quello che hai. Ad ogni modo io ti suggerisco di provare ad implementare un paio di funzioni semplici sotto Drupal e capire quanto ci metti a finirle, se ci vuole troppo tempo magari ci ripensi, altrimenti è la strada giusta
Come scelta tra le versioni direi che la 7 è preferibile, di solito le recentissime danno qualche problema di stabilità / manutenzione essendo in beta. Occhio inoltre che molti moduli Drupal sono alpha del tutto, e non vanno bene per le versioni definitive delle app.