Dipende da diversi fattori, in primis il tipo di filesystem che stai utilizzando (reiserfs? ext2? ext3? ....).
Puoi trovare una risposta su
www . computing . net /answers/linux/number-of-files-in-a-linux-directory/12083.html
Leggendo la pagina scoprirai che reiserfs ha un limite di 2^31 file per directory, mentre ext2 e ext3 hanno come limite 64mila sottodirectory e un numero illimitato di file, anche se una volta che i file sono più di 10/15mila le prestazioni peggiorano considerevolmente.
Ciao