Paliamo di menu di backend, perfetto.;)
La community di Joomla! ha discusso più volte della possibilità di fare amministrare in modo semplice i menu di backend.
Va detto che attualmente non è prevista una procedura friendy per customizzare i menu di backend, anche se la cosa è possibile, tanto che alcune digital agency personalizzano il backend in molte parti.
Per rispondere alla tua prima domanda, "senza troppi patemi" dipende dalla soglia minima che fa scattare il patema, che ovviamente è soggettiva.
Soglie a parte, ecco qualche spunto:
non abbiamo un modo esplicito per scegliere l'ordinamento delle voci di menu
il backend ha un suo template
il menu di backend è gestito attraverso un modulo (root_di_joomla/administrator/mod_menu/) che ha un suo template ed è possibile farne un override
Se hai voglia di cimentarti non ti resta dunque che aprire i file del mod_menu, in particolare quelli del template e l'helper, quindi fai un giro nella tabella _menu del database. Se trovi la soluzione non dimenticare di convdividerla qui con tutti.