Ciao Montalbano!
Di un'unica cosa sono certo nel posizionamento, che ci sono talmente tante variabili interne al sito ed esterne che è praticamente impossibile (almeno per me) dettare regole precise o fare diagnosi in caso di problemi strani come nel tuo caso.
Per la penalizzazione di un terzo del web non possiamo sapere quanti siti sono "colpiti" e se dipenda solo dai link, bisognerebbe analizzare tutti i link entranti e sapere GG come interpreta link a tema (potrebbe riservare sorprese rispetto ai ragionamenti umani, in fondo come dice key GG è stupido). Il pr di questi giorni potrebbe essere aggiornato solo x settori, solo x lingua, solo per data. Troppe variabili di cui tener conto.
Poi non so se ho capito bene, ma non è meglio escludere i siti satellite con il robots.txt nel caso di + domini uguali? Così sono sicuro e punto su un unico dominio.