Ciao leokid71,
se l'accesso è riservato solo ad alcuni utenti, ad esempio tramite l'impiego delle ACL su Joomla, il crawler non potrà accedervi e già questo ne impedirà l'indicizzazione.
Puoi aggiungere un meta robots noindex a tutte le pagine che non vuoi indicizzare (cosa che Joomla permette di fare nativamente, mentre per Wordpress ti consiglio di installare Yoast).
Altri interventi sono sicuramente possibili, per esempio via htaccess o con estensioni/plugins, ma sono da valutare nel caso specifico.
Sull'assegnazione dei moduli in Joomla: non soltanto puoi assegnare i moduli a specifiche voci di menu, ma puoi limitarne l'accesso ad alcuni gruppi di utenti, quindi hai il massimo controllo.
Al mio parere puoi realizzare il sito con diversi CMS, incluso Drupal. Il vantaggio di usare Joomla in questo caso risiede nella potenza del sistema ACL.
Per altre discussioni focalizzate solo su Joomla puoi usare questa sezione del Forum GT: http://www.giorgiotave.it/forum/joomla/
Spero di esserti stato utile.
Francesco