Non credo ci sia un modo per rendere automatico il procedimento. Per risolvere, comunque devi semplicemente cancellare l'url associato al prodotto.
Devi andare nel pannello di controllo di SH404SEF e cliccare su vedi modifica sef url.
Lì devi trovare il link che fa capo al prodotto cancellato (devi vedere l'id del prodotto che è inserito nell'URL).
Il problema sorge perchè per fare l'url sef il componente usa il titolo del prodotto: se due prodotti hanno nome uguale avranno anche uguale URL, con tutto ciò che ne consegue.
Per evitare il problema devi impostare SH404SEF in modo che generei l'URL includendo anche lo SKU del prodotto: si fa dall'amministrazione del componente.
Spero di esserti stato utile, ciao!