Potrebbe essere il server su cui ero prima, ma non ne sono sicuro..
Le versioni di .net tra cui mi fa scegliere il pannello di controllo sono 1.1 e 2.0.
E nelle pagine di errore compare 2.0 (ma questa è la versione che usi per l'applicazione).
Non mi sono mai posto il problema del framework 3.5, perchè non ho ancora avuto necessità di usarlo.
Tanto per curiosità, usi la classe "Thread" nel tuo sito? Nel mio caso si bloccava quando lanciavo troppi Thread a seguito di una Session_Start... però dava problemi solo sul mio "primo" server. Magari sul tuo server c'è qualcuno che ha un'applicazione che genera questo tipo di problemi.
La scritta "Service Unavailable" su macchine 2003 sotto il mio diretto controllo viene fuori qualche volta, ma solo quando c'è un'eccesso di richiesta di risorse (es se una applicazione genera migliaia di eccezioni, o mangia troppa memoria, o lancia centinaia di thread, o troppe connessioni, ecc) e il web server si "spegne",e bisogna fare un restart del servizio IIS.
Pur sapendo che l'help desk ne saprà probabilmente più di me, io avevo fatto presente questo, chiedendo se era il mio sito a creargli problemi, ma mi han risposto di no.. almeno avevo la coscienza a posto!