No guarda, non ci stiamo capendo. Innanzi a tutto ho gia indicato nel testo principale della primo post che in passato abbiamo provato questa strada e cerchiamo alternative.

Riguardo all'ultimo commento: esistono eccome dei plugin che per loro logica scelgono di salvare nel db degli URL. Questi url non in tutti i casi si riescono ad aggiornare con un banale replace. Grazie

Puoi usare una fake pageview o un evento analytics per questo senza necessità di aprire una pagina 1px per 1px.

Sì, in realtà il nofollow è stato inserito per un problema di indicizzazione.
Il sito è fatto in Magento e cliccando su una categoria e filtrando i prodotti, Magento aggiunge parametri all'URL, che sono tutti URL duplicati (il sito ha subìto una penalizzazione per questo).
In effetti in homepage non si accede ai filtri e non ha alcun senso il nofollow.
Grazie mille per le risposte.

Imposti nel file .htaccess (se sei su web server apache) un redirect dalle url del sito che non vuoi indicizzare verso quelle del sito che vuoi far vedere a Google.
Trovi tantissimi esempi in giro su come effettuare questo redirect.
Ciao.

Grazie Federico per la veloce risposta.
Circa l'ultimo punto che descrivi:

Se la lingua predefinita fosse l'Italiano (e per un domino .it ha più che senso), gli URL della versione in Italiano potresti lasciarli così come sono risparmiandoti la migrazione verso /it/ e i tempi tecnici di re-indicizzazione, e tenere la versione Inglese in una sottocartella /en/

ti risponderei: "Magari!!".
Ci abbiamo già provato, ma nell'htaccess o nel Core di Magento (come scrivevo all'inizio), attivando il multilinguaforza la riscrittura dell'URL (aggiungendo il /it/ all'URL).
Grazie mille, a presto.

Allora i problemi sono altri.
E' tutto molto rilevante.
Grazie, F.