Ciao Costanza,
le indicazioni degli strumenti per webmaster di Google sono sempre da prendere con le pinze: c'è l'usanza di credere che siano correlati direttamente alle SERP, cosa non vera.
Sai qual è la domanda giusta da porsi?
Non quali sono le 3 URL che non mi ha indicizzato, ma quali e quante sono le URL che non portano traffico da motore di ricerca.
Questo è il vero valore che devi cercare di comprendere.
Quindi vai da Analytics e vedi quali non ricevono traffico...