Ciao,
non esiste un metodo sicuro per criptare il codice JS, perché essendo codice interpretato lato browser deve essere per sua natura in chiaro. Esistono dei metodi di offuscamento del codice, che ovviamente non sono sicuri al 100%, ma rendono semplicemente difficile interpretare il codice.
Tra l'altro, è un problema che ho anche io avendo sviluppato delle applicazioni con un front end molto articolato in jQuery.
Prova a cercare su google "javascript obfuscator" e vedrai diversi tool online, alcuni sono più efficaci (es. YUI compressor), ma la protezione non è garantita mai al 100%.
Vedi anche:
stackoverflow.com /questions/272342/free-javascript-obfuscators