La doppiezza di url per i motori non esiste in questo caso perchè index.php ed index.html sono 2 pagine diverse con 2 url diverse.
Google riconosce da solo la nuova homepage e di conseguenza aggiornerà la situazione.
Una considerazione da fare è però che passare da una homepage "testuale" ad una flash è un cavalota per 2 ordini di motivi:
il flash ha pochissimi contenuti e fino a poco tempo fa era anche un ostacolo all'indicizzazione....e a seconde di come è fatto potrebbe ancora esserlo.
tutti i contentuti saranno ora spostati un livello/click sotto con perdita presumibile di valore agli occhi dei motori.
Quindi....posso tranquillizzarti per il doppio index, ma dirti in bocca al lupo per il resto.