Direi che già stato un problemino di configurazione alla base. A parte che è possibile bloccare il listing delle directory sotto apache, ma non è il tuo caso.
Il punto è che nel tuo caso il default virtual host è proprio il dominio. Non ti dico quante carognate si possono fare ad un sito così sprovveduto
La cosa che dovresti fare è creare il primo virtualhost che è quello di default che punta ad un dominio dummy, cioè una cosa che ti può portare utile. Per esempio è abbastanza diffusa la moda di comprare domini e puntarli su ip di altra gente. Non so perchè lo facciano ma penso che vogliono rubare i contenuti ( o sperano di farlo ) e salire sui motori. In questo caso puoi creare un dummyhost che fa un bel redirect a qualche casinò online, così fai un bel pò di soldi dalle nefandezze di questi furbacchioni
Comunque il punto è che il dominio effettivo non dovrebbe mai essere il virtualhost di default. In questo modo se digiti l'ip comparirà esclusivamente il dummy website.
