la gestione di un numero così elevato di record comporta un'analisi del database che personalmente va un po' oltre le mie esperienze.
Prima di pensare ad una soluzione per questo problema mi viene da chiederti... che carico di lavoro avrà questo server? Regge tutti questi record?
per quanto riguarda l'importazione a mio avviso è risolvibile spezzando i dati in tanti file con un numero di record importabili.
Da locale o remoto schedulare l'esecuzione di una pagina che importa il primo file esistente, quando importato lo rinomina o lo elmina.
es:
prima esecuzione importa il file
1.txt
importazione con successo -> rinomina in ok1.txt
seconda esecuzione :
esiste 1? no
esiste 2? si
importa 2.txt
etc etc