perchè $x è lindce dell array ovvero il numero, e diventa l'ID che passi alla pagina quando lo metti nel href,
mentre $a_alfabeto* è la lettera, e se ti serve usare la lettere come ID quando fai if isset($id) ti serve che id contenga la lettera.
Come avevi fatto tu passavi l'indice, ma poi facevi
print"<tr><td>" . $a_alfabeto* . "<tr></td>";
e quindi stampavi la lettera realiva all indice.
Sarebbero due modi diversi di operare.
Per il tuo problema che avevi che ti stampava si la lettera ma era sbagliata, non cosa da cosa dipendeva...