Ci avevo pensato, il problema è che se crei il cookie non puoi verificare se è stato creato nella stessa pagina, ma in una successiva. Finchè si tratta di creare il coookie in homepage e poi verificarlo nelle sottosezioni non c'è problema, ma quando ti serve saperlo in prima pagina (ad esempio per un contatore di visite?).
L'unica soluzione è che il file index.php crei il cookie, poi faccia un reload su se stessa con header(Location: e lo verifichi. Un po' macchinoso, non è che inchiodo il server?