Ok, credo di esserci riuscito!
Ho utilizzato Uploadify e nel file upload.php ho utilizzato parte del codice che già utilizzavo per altre funzioni:
<?php
if (!empty($_FILES)) {
$tempFile = $_FILES['Filedata']['tmp_name'];
$login=user;
$password=passwd;
$conn = ftp_connect("xx.xx.xx.xx") or die("Could not connect");
@ftp_login($conn,$login,$password);
ftp_put($conn, $_FILES['Filedata']['name'], $tempFile, FTP_BINARY);
ftp_close($conn);
}
?>
YEAH