Sinceramente non saprei dirti. Ho visto quel messaggio e non sapevo che prima non c'era. Quindi l'ho fatto presente su questo topic come una possibile causa della penalizzazione.
La stessa cosa e successa a me un paio di anni fa ma sul sito c'era veramente un maleware dopo un hack fatto via FTP. Ho proveduto a rimuovere tutto e dopo un po' andava tutto bene. Tra l'altro con o senza maleware, per quanto riguarda le SERP, non e cambiato nulla. Cmq. credo che maleware presente nel codice del sito per un po' di tempo puo influire sulle posizioni nei motori di ricerca.
Per il resto non so dirti nulla. Non ho fatto un'analisi profonda del tuo sito. Ti dico solo una cosa, i siti relativi agli aeroporti sono sempre un grande problema perche c'e tantissima concorenza fra le varie compagnie che fanno il trasporto. Quindi non escludo neanche la possibilita che qualchuno ha contattato Google con un ticket, accusandoti di black hat SEO. Controlla se il codice rispetta le regole di Google non al 100 ma al 1.000 percento :))).