Intanto grazie per la risposta. Ho risolto il problema di reindirizzamento disinstallando il componente, scrivendo il file .htaccess in questo modo:
##
*# @license *GNU/GPL
AuthType Basic
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index.php
RewriteCond %{REQUEST_URI} (/|.php|.html|.htm|.feed|.pdf|.raw|/[^.])$ *
RewriteRule (.) index.php*
RewriteRule . - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%{HTTP:Authorization},L]*
attempts to Joomla!
RewriteCond %{QUERY_STRING} mosConfig_[a-zA-Z_]{1,21}(=|%3D) *
RewriteCond %{QUERY_STRING} base64_encode.(.) *
RewriteCond %{QUERY_STRING} (<|%3C).script.(>|%3E) [NC,OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} GLOBALS(=|[|%[0-9A-Z]{0,2}) *
RewriteCond %{QUERY_STRING} _REQUEST(=|[|%[0-9A-Z]{0,2})
RewriteRule ^(.)$ index.php [F,L]
Nel pannello SEO di Joomla ho poi attivato soltanto il Search Engine Friendly URL, lasciando su 'No' i Titoli pagina dinamici.
Successivamente ho reinstallato Artio JomSef. Il funzionamento (almeno fino ad ora) è corretto anche se resta il mistero di come JomSef generi gli url.
Infatti analizzando questo comportamento, ho notato che gli url vengono generati per visita, cioè non appena qualcuno visita la pagina con il link contenente l'url da rendere SEF.
Mi sembra un comportamento inusuale, ma non ho trovato nessuna altra spiegazione in merito.