Buonasera
Io leggendo molte rubriche fiscale e documentandomi con vari commercialisti so che per legge la fattura va emessa quando lei ha la disponibilita dei soldi dunque a mio parere andrebbe emessa quando li cliente paga (lo stesso giorno in cui arrivano al gateway) indipendentemente da quando li ricevera nel suo conto.
Personalmente ho utilizzato alcuni gateway di pagamento (che incassano le carte di credito) e la fattura l'ho sempre emessa quando il cliente ha pagato, poi i soldi arrivavano dopo nel conto corrente dopo alcuni giorni per la valuta.
E' come il negoziante che emette scontrino subito ma poi se il cliente paga col pos ricevera i soldi in banca vari giorni dopo ma questo non lo esula dall'emissione dello scontrino che deve avvenire quanto il cliente paga lo stesso è per la fattura.
E' un argomento comunque molto complesso, difficilmente trovera pareri chiari, penso che dovrebbe studiarsi parecchie circolari sulla fatturazione per avere un documento certo che le conferma come gestire il tutto.
In ogni caso amettere la fattura prima è consentito, dopo invece no dunque a mio avviso l'emissione della fattura quando il cliente effettua il pagamento è corretto.
Qualora un cliente avvii un chargeback puo emettere nota di credito e stornare cosi la fattura e dunque rimborsare il cliente.
In ogni caso è un quesito molto complesso il suo e sarebbe meglio che incaricasse un commercialista di aprire un interpello presso agenzia delle entrate (domanda per come affrontare un aspetto fiscale) per avere una risposta ufficiale certa direttamente da loro dato che è un argomento abbastanza complesso.
Le mando un Cordiale Saluto