L'Irpef si applica allo stesso modo anche in caso di reddito da lavoro autonomo. Infatti tutti i redditi che vengono percepiti in un anno devono confluire nella dichiarazione dei redditi, e anche se ogni tipo di reddito ha un quadro diverso (RC, RE, RG, RH, ecc.) il totale complessivo viene comunque indicato nel quadro RN per il calcolo delle detrazioni e dell'imposta dovuta.

Una differenza a questo discorso generale esiste nel caso di adesione ad un regime fiscale agevolato, come quello dei contribuenti minimi oppure delle nuove iniziative, che hanno aliquote sostitutive rispettivamente del 20% e del 10%.

Nel caso in cui scegliessi di lavorare con p.iva dovresti valutare quindi più che altro la possibilità (se hai i requisiti) e la convenienza in termini di imposte che andrai a versare con l'uno piuttosto che con l'altro regime agevolato.

L'Iva come hai detto giustamente è una imposta neutrale, che impegna + che altro in termini burocratici e di costi per commercialista.
Per quanto riguarda i contributi previdenziali possono essere la nota dolente in quanto come lavoratore dipendente non si "notano" quasi in quanto trattenuti dal datore di lavoro. Con p.iva dovresti essere soggetto alla cassa professionale degli avvocati, il cui importo annuo non conosco.

Saluti