Sinceramente non so bene però provo a dire la mia. Quando Tu, libero professionista, viaggi per lavoro avrai delle spese inerenti la tua attività che potrai dedurre dal reddito con le varie quote e limitazioni. Le ricevute delle spese devono essere intestate a Te.
Da come Tu dici le intesti alla ditta e poi loro ti rimobrsano i soldi, ma se emetti fattura per questi rimborsi allora vanno nell'imponibile. Quindi per arrivare alla situazione normale fiscalmente dovresti dedurle, ma non so se possibile se ti vengono date come rimborsi, se si allora torna tutto a posto.
Se fossero spese anticipate per conto del cliente, come pagamenti di spese che solo per comodità effettui Tu andrebbero fuori dalla base imponibile e quindi saresti a posto. A Me sembra che non rientri in questo caso.
Allora come hai risolto la cosa?