Ciao e benvenuto.
Purtroppo ritengo che l'esterma vicinanza delle due attività potrebbe ingenerare qualche perplessità anche in un verificatore fiscale. In effetti sarei anche io dell'opinione della tua commercialista, se non altro per una questione di prudenza.
Uno spiraglio sarebbe studiare la possibilità di far rientrare l'insegnamento di informatica in un codice attività "lontano" dallo sviluppo di software, ma se dal punto di vista formale non la vedo come cosa impossibile, dal punto di vista sostanziale vedrei comunque qualche problema ad avere basi certe e dimostrabili di questa separazione.
Non mi risultano normative da segnalarti atte a poter discernere una differenza così specifica come quella dell'insegnamento e dello sviluppo in ambito informatico.
Resta invece da valutare se esista convenienza a tenere p.iva e contratto a progetto o se comunque il gioco valga la candela.
Paolo