Ciao
verifica se gli url indicizzati su google sono gli A o i B, verifica anche se i backlink che hai al sito sono gli A o i B. Regolati di conseguenza e segui l'ottimo consiglio di altraSoluzione.
Aggiungo anche che cambiare "struttura" del sito web potrebbe avere pesanti conseguenze lato Seo se non fatta bene.