In questo modo la variabile è valida in header.php, ma non in index.php. La cosa strana è che sostituendo in quest'ultimo file la funzione get_header con un include('header.php') funziona tutto
Eppure la funzione load_template di wordpress in teoria non dovrebbe dare problemi visto che usa un semplice require_once...
Qualcuno ne sa qualcosa?
EDIT:Anche se ancora non comprendo i misteri intrinseci della funzione get_header sono riuscito a risolvere il mio problema: se setto una var nel file general_template.php questa è disponibile in tutti i file del template