Ciao mar87,
per prima cosa non mi definisco un esperto di SEO, ma da quel che so, i nomi dominio stanno perdendo di importanza con il tempo, serve ben altro per apparire all'interno dei risultati sui motori di ricerca
Quindi la scelta dipende completamente da te, se il nome dominio ha qualcosa in comune con i siti che stai realizzando, allora ti consiglio di usare i sottodomini (nel mio caso farei html5.andmore.info, wordpress.andmore.info ecc...) altrimenti utilizza pure le cartelle.
Ciao e alla prossima!