Se le pagine non sono molte e complesse che contengono script o roba del genere io cercherei di adattarle a joomla, potresti copiare i contenuti e incollarli nelle pagine di articoli di una categoria di joomla, in questo modo avresti un'unica installazione fatta nella root del sito.
Non è necessario che installi linux sul tuo pc, puoi fare tutto installando joomla nello spazio linux fornito dal tuo provider ed accedendo al pannello amministrazione puoi modificare ogni aspetto del tuo sito.
Il consiglio è pero quello di creare il sito con joomla prima in locale sul tuo compiuter ed una volta che vedi che secondo tè è completo e funzionante lo puoi mettere on-line, per fare questo hai bisogno di installare il programma xampp sul tuo pc che ti dà la possibilità di avere un'installazione di joomla come su un server linux con apache, mysql e phpmyadmin.