Con register.it hai a disposizione anche ssl su [serversicuro].etc.it
Con aruba invece no.
anche io ho utilizzato zen-cart per qualche progetto, e la versione 1.8.* si integra molto bene anche con paypal pro.
Essendo un ecommerce io andrei per register.it vista la necessità di transizioni sicure.
Tutti e due offrono spazio su disco illimitato,
Register.it: illimitati database e query mysql, spazio illimitato
Aruba.it: 5 database, illimitate query, 100mb per ogni DB mysql
ma Register limita il traffico http/ftp a 500GB/mese (Business)
mentre Aruba offre banda/traffico illimitato.