Ciao giomedi,
se hai rifatto il sito con stessi contenuti rispetto al precedente sito ma con nuove URL e non hai fatto redirect 301 dalle vecchie URL e' normale che le tue pagine abbiano perso PR. Il 301 serve oltre ad aiutare gli utenti e i motori di ricerca, a continuare a far trovare le tue pagine a chi ha vecchie URL.
Il fatto che quindi le tue pagine interne abbiano PR=0 si puo' spiegare (ma dammi conferma) con il fatto che Google le consideri come nuove pagine.
Inoltre molto bene il codice HTML ma i titoli delle pagine sono ottimizzabili come vedi qui in molti casi si ripetono.
Per essere un sito online da 3 anni i tuoi backlink che controllo qui da Yahoo sono numericamente pochi e non molto a tema.