Mi sa che ci sono dentro anch'io (ho ricevuto un pesante attacco di spam sul forum e alcune volte gli utenti impostano delle foto del loro profilo non molto adatte.)

403 Forbidden

E' per questo motivo che puoi moderarli. Se un utente scrive di altro e va fuori dall'argomento non glielo pubblichi. Cmq, è vero che danno valore alla pagina, valore che google coglie senza dubbio, ma restano vere anche le seguenti affermazioni per le quali è necessario trovare soluzione:

Molti commenti significa più tempo di caricamento della pagina, fattore negativo.
Molti commenti con avatar uppato sul tuo sito significa molte richieste per immagini che a loro volta peseranno, ergo, più tempo di caricamento della pagina, fattore negativo.
Avatar dei commenti esterni comportano richieste a database esterni, api, immagini ulteriori, tempi di risposta più lunghi ecc.

Io dico sempre, nei commenti l'avatar fa male e la moderazione è fondamentale per accettare solo commenti sani di mente e, se contengono link, che siano a tema con la pagina

Figurati

L'importante è creare una linea editoriale e seguirla.

E' dannoso oggi scegliere le cartelle, domani i sottodomini, dopodomani ancora i domini nuovi...tutto per la SEO

Pensa al tuo progetto per gli utenti, cosa è meglio per loro.

Se vuoi creare più brand allora prendi più domini. Se vuoi un brand unico, usa pure il tuo dominio.

Personalmente avrei usato le cartelle per le news e i sottodomini per contenere le guide.

Però ti ripeto, non pensare troppo ai motori, pensa al tuo progetto editoriale e agli utenti

Beh il problema sembra essere solo temporaneo e dato dai tuoi cambiamenti.

Fai passare qualche giorno e vedrai che tutto si risolve.