A mio avviso l'unico motivo plausibile è che il nuovo file index.php non sia stato rinominato correttamente (es: hai rinominato un file test.txt in index.php ma non essendo visibili le estensioni in realtà il file si chiamava index.php.txt) ma quasto dovrebbe saltare subito all'occhio utilizzando l'FTP.
La seconda ipotesi è che non sia stato inserito tutto il codice presente nella index originaria o che sia stata salvata con una codifica errata (es: UTF_8 whit BOM).
Altro non mi viene in mente.

Hai installato qualche programma ultimamente?se sì,posta il nome.
Ho guardato il log e non ho notato niente di strano a parte qualche servizio di toshiba
in modalità nascosta e delle toolbar che appesantiscono il sistema e prendono risorse,per il resto sembra a posto.